Wydział Mechaniczny działający w ramach cywilnej uczelni państwowej Akademii Morskiej w Szczecinie historycznie jest kontunuatorem Państwowej Szkoły Morskej w Szczecinie powołanej  dnia 1 stycznia 1947 roku przy Alei Piastów 19 w Szczecinie. W roku 1962 powstała Państwowa Szkoła Rybołówstwa Morskiegoz siedzibą w  budynku głównym na Wałach Chrobrego.
W pierwszych dwóch latach jej istnienia prowadzone były dwa równoległe cykle nauczania: 3-letni oraz 5-letni. Szkoła ta prowadziła dwa wydziały:
 - Obsługi Maszyn Statków Rybackich
 - Nawigacyjno-Połowowy.
W 1963 roku powołano w Szczecinie pomaturalną Państwowa Szkołę Morską z  Wydziałem Mechanicznym.
W 1967 r. połączono obydwie szkoły. W ich miejsce powstała nowa pomaturalna Państwowa Szkoła Morska, kształcąca na trzech wydziałach: Mechanicznym, Nawigacyjnym, Nawigacyjno-Połowowym.
Rok później PSM została przekształcona w Wyższą Szkołę Morską z dwoma wydziałami: Mechanicznym i Nawigacyjnym.  Działalność dydaktyczną rozpoczęła w roku akademickim 1969/1970.
W roku 2004 Wyższa Szkoła Morska na podstawie Ustawy z dnia 9 stycznia 2004 zmieniła nazwę na Akademia Morska w Szczecinie.
W roku 2002 Wydział Mechaniczny uzyskał uprawnienia do nuprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinie budowa i eksploatacja maszyn (pismem BCK-VI-U-156/2002 z dnia 16.12.2002r.), a w roku 2012 uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk technicznych w dyscyplinie budowa i eksploatacja maszyn (pismem BCK-VI-U/Dr hab.507/2012 z dnia 17.12.2012r.).
W roku 2019 w związku z prowadzonymi zmianami organizacyjnymi Uczelni powodowanymi wdrażaniem Ustawy 2.0 Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce - z Wydziału Mechanicznego wydzielony zostaje nowy Wydział Mechatronili i Elektrotechnikii, a dotychczasowa struktura oparta o działalność instytutów zostaje zmieniona na strukturę katedralną oraz zmienił siedzibę na obecną przy ul. Willowej 2.